מגיע היום בו עסק או חברה מסוימים צריכים לבחור, בין המשך הפיתוח של אתר אינטרנט קיים, התאמתו להתקנים ניידים,או פיתוח אפליקציה נפרדת. לעיתים קרובות הם אינם יודעים באיזה פתרון לבחור, מכיוון שהתקציב שלהם הוא בסופו של דבר מוגבל. על מנת לענות על השאלה הזו, יש צורך לבדוק את החסרונות והיתרונות של פיתוח אפליקציות.
התאמה טבעית למכשיר - היתרון הראשי ואולי המרכזי ביותר של האפליקציה הוא היכולות להשתלב בצורה טבעית במכשיר, החל מהצגתה במסך האפליקציות ועד לשימוש במאפיינים ייחודים של החומרה כגון מצלמה ו - GPS במחוות יד אחת.
שימוש off line - בניגוד לאתר, אפליקציה יכולה לפעול גם כאשר המשתמש אינו מחובר לאינטרנט, מכיוון שהיא מאחסנת לפחות חלק מן המידע על הזיכרון של המכשיר. במידת הצורך, היא יכולה לזהות שאין חיבור לרשת ולהציג הודעה מתאימה.
הכנסות - כיום מרבית המשתמשים כבר רגילים לשלם עבור פונקציות נוספות באפליקציות שהם מורידים והתשלום מתבצע בדרך כלל ישירות דרך אמצעי התשלום המאוחסן בחשבון המשתמש המקושר למערכת ההפעלה. לעומת זאת, אתר אינטרנט חיצוני, בדרך כלל דורש להתחבר לחשבון, כגוןPayPal או להזין את הפרטים של כרטיס אשראי.
זמן ועלות - אורך הפיתוח של אפליקציה ממוצעת יכול לארוך זמן רב יותר, מאשר אתר אינטרנט, מכיוון שמדובר בתוכנה לכל דבר שיש לבצע עליה בדיקות איכות לניפוי של באגים, כמו גם להתאים אותה למגוון של מכשירים בשוק. בנוסף לכך, יש להוסיף על זמן הפיתוח גם את הזמן שלוקח לאשר את האפליקציה לשימוש (במיוחד במכשירים של אפל).
כפועל יוצא מזמן הפיתוח של אפליקציה, גם העלות של פיתוח אפליקציה יקרה יותר, כתלות ברמת המורכבות שלה.
עדכונים - בחלק מהמכשירים הניידים, המשתמש חייב לאשר כל עדכון של האפליקציה באופן ידני, ולכן הוא עשוי להשתמש בגרסה ישנה של האפליקציה, שעלולה אף להתרסק ללא הודעה מוקדמת. לעומת זאת, אתר אינטרנט הוא תמיד מעודכן מכיוון שהקוד והמידע המוצג בו נשלפים ישירות מהשרת.
קידום מאתגר יותר - קידום של אפליקציה הוא מאתגר יותר, מאשר קידום של אתר אינטרנט, כיוון שהתחרות מתרחשת בתוך חנות אפליקציות ייעודית עם חוקים משלה. אם כל מי שמוריד את האפליקציה יגיע רק מאתר האינטרנט, הרי שהאפליקציה לא השיגה את מטרתה העיקרית והיא, חשיפת המותג לקהל חדש של לקוחות, שלא מגיע דווקא ממנועי חיפוש קלאסיים.
לסיכומו של דבר, ההחלטה אם לבנות אפליקציה ייעודית או לא, תלויה בין היתר בשיקולי עלות מול תועלת, אך גם ברמת החדשנות. אם האפליקציה אכן מציגה חווית שימוש ייחודית מעבר למה שאתר האינטרנט הרגיל מציע, יש לה פוטנציאל טוב יחסית למשוך לקוחות חדשים בהתבסס על המלצות או סקירות חיוביות בחנות האפליקציות. לעומת זאת, אם האפליקציה היא בסך הכול נספח של האתר הארוז במעטפת גרפית אחרת, רוב הסיכויים שלא יהיה לה יתרון משמעותי על פני הפניית המשאבים להמשך פיתוח האתר הקיים.